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理研不祥事・事件
2004年（平成16年）2月、元理事の研究費不正流用（約526万円）と、環境型セクシュアル・ハラスメントが発覚する。
2004年（平成16年）6月、海外出張旅費を二重取りしていた元主任研究員に対して、詐欺容疑（約190万円）で告訴状が出される。（結果は不起訴処分）
2004年（平成16年）12月、研究不正があったと記者発表（後に取消）
2006年（平成18年）4月、延べ1937名もの職員による放射線業務手当の不正受給（1068万円）が発覚。
2007年（平成19年）3月、研究業務課長のタクシー券私的使用（189件・192万530円分）が発覚。
2009年（平成21年）9月、主任研究員が架空取引を行い当研究所に損害を与えたとして背任容疑で逮捕
2010年（平成22年）4月、研究不正の記者発表を裁判の和解に基づき取り消した。
2010年（平成22年）4月、事業仕分けにおいて、アシスタントに配偶者を雇用していることを問題視され指摘される