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一方、消費税の仕入税額相当額を診療報酬で補てんする分の診療報酬本体改定率は、0.41％増（200億円増）。
医科が0.48％増（170億円増）、歯科が0.57％増（20億円増）、調剤が0.12％増（10億円増）に決まった。
こちらも19年10月実施で、5ヵ月分を予算計上。財源配分比率が慣例通りに医科・歯科・調剤で
「1：1.1：0.3」となっていないのは「あくまで消費税率引き上げに伴う対応のため」（厚労省）としている。
このほか、材料価格の改定率は0.03％増（20億円増）、うち消費税対応分は0.06％増（30億円増）、
実勢価格改定分は▲0.02％（▲10億円）となった。
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